Например, такого рода процессы можно наблюдать даже сейчас, скажем, при возникновении резистенции (устойчивости) возбудителей инфекции к действию антибактериальных препаратов. При этом только на первый взгляд кажется, что популяция болезнетворных организмов вдруг взяла, да и приспособилась к антибиотику. На самом же деле произошла точечная мутация с возникновением резистентного организма, потомство которого довольно быстро приобрело в популяции доминирующее положение (обычно за счет более низкой смертности). Иными словами, со временем от антибиотика передохли все те, кто родственником этого мутанта не являлся. Т.е. реально произошла подмена одной популяции другой - потомками мутанта, а поскольку со стороны это незаметно (из-за высокой скорости деления), то выглядит как приспособление всего вида целиком.
Интересно.
Вот, походу, ключевая фраза - "произошла точечная мутация с возникновением резистентного организма".
Вопрос. Из чего тогда, из какого материала, происходит мутация, если все микробы постоянно умирали и умирают от этого антибиотика?
Как правило, антибиотики не убивают всю популяцию микроорганизмов, а лишь в какой-то мере подавляют ее, снижая скорость размножения. Конечно существуют еще и "клеточные яды", способные уничтожить популяцию микроорганизмов дочиста, но такие радикальные средства не выдержит сам организм человека. Поэтому антибиотики - паллиативное решение, балансирующее между токсичностью для болезнетворных микрооргазнизмов и токсичностью для клеток человека. И почему именно антибиотики оказались в этой роли, тоже хорошо объяснимо тем, что антибиотик являются продуцентом какого-то живого организма (в классическом случае пенницилина и стрептомицина - почвенных грибков), а следовательно резистенстность/устойчивость к нему существует по определению - иначе бы от этого антибиотика первым подох сам продуцент. Вот и ищут фармакологи в природе такие антибиотики, чтобы "родство" человека с продуцентом было выше, чем с бактериями, которые мы хотим из своего организма вывести.
Впрочем, и сами продуценты антибиотиков не ставят задачу уничтожить все живое в своем окружении, а потому им вполне достаточно для процветания своей популяции лишь в несколько раз сократить рост соседних с ними неродственных популяций. Вот и получается, что антибиотики оказывают не радикальное, а лишь частичное подавление болезнетворных организмов. Однако в клинических случаях этого вполне достаточно для выздоровления, т.е. организм пациента довершит победу своим средствами (обычно иммунными).
Поэтому-то врачи и предупреждают о том, что, взявшись лечиться антибиотиком, курс надо проводить до конца, в противном случае организм больного станет инкубатором селекции микроорганизмов на резистентность к антибиотику, который он принимает. А если больной, как только ему полегчало, бросает курс лечения, продолжая оставаться бациллоносителем, то очень скоро начнет осеменять окружающих мутантным штаммом.
Здесь очень хорошо подходит высказывание: "То что нас не убивает - делает сильнее", принадлежащее одному знаменитому, но запрещенному в России философу

. Причем, к данной ситуации это высказывание применимо буквально. Отсюда и ответ на ваш вопрос - материал для мутаций поставляет та часть популяции, которой как-то все-таки удается размножаться в неблагоприятной среде.